《解释》第二十一条：“当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。”
认定“黑白合同”时所涉的“实质性内容”，主要包括合同中的工程价款、工程质量、工程期限三部分。
对施工过程中，因设计变更、建设工程规划指调整等客观原因，承、发包双方以补充协议、会谈纪要、往来函件、签证等洽商纪录形式，变更工期、工程价款、工程项目性质的书面文件，不应认定为《中华人民国招标投标法》第46条的“招标人和中标人再行订立合同实质性内容的其他协议”。
当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与中标合同实质性内容不一致的，不论该中标合同是否经过备案登记，均应当按照《解释》第二十一条的，以中标合同作为工程价款的结算依据。
当事人违法进行招投标，当事人又另行订立建设工程施工合同的，不论中标合同是否经过备案登记，两份合同均为无效；应当按照《解释》第二条的，将符合双方当事人的真实意思，并在施工中具体履行的那份合同，作为工程价款的结算依据。
《解释》第二十条：“当事人约定，发包人收到竣工结算文件后，在约定期限内不予答复，视为认可竣工结算文件的，按照约定处理。承包人请求按照竣工结算文件结算工程价款的，应予支持。”
《解释》的该条过于笼统，在实务操作中依旧会遇到各种问题，比如，当事人虽然约定发包人应在收到竣工结算文件后的一定期限内予以答复，但未约定不答复的后果，法院是否可依据承包人提交的工程款总价径直裁判？倘若当事人约定发发包人在承包人提交竣工结算文件后未答复视为认可，但未约定答复期限，又该做如何处理？
浙江省高院在发布的《关于审理建设工程施工合同纠纷案件若干疑难问题的解答》对此问题做了进一步细化的。
上述文件第十四条写明：“建设工程施工合同明确约定发包人应在承包人提交竣工结算文件后一定期限内予以答复，且逾期未答复则视为认可竣工结算文件的，承包人可以请求按照竣工结算文件进行工程价款结算；建设工程施工合同虽约定发包人应在承包人提交竣工结算文件后一定期限内予以答复，但未约定逾期不答复则视为认可竣工结算文件的，承包人不能请求按照竣工结算文件确定工程价款；建设工程施工合同约定发包人在承包人提交竣工结算文件后未答复则视为认可竣工结算文件，但未约定答复期限，且经承包人催告后，发包人仍不予答复的，可根据实际情况确定合理的答复期限，但答复期限不应超过60天。”
当事人对建设工程的计价标准或者计价方法有约定的，按照约定结算工程价款。建设工程施工合同约定的工程价款的确定方法虽然与建设工程计价依据不一致，但并不违反法律、行规强制性的，该约定应认定有效。
因设计变更导致建设工程的工程量或者质量标准发生变化，当事人对该部分工程价款不能协商一致的，可以参照签订建设工程施工合同时当地建设行政主管部门发布的计价方法或者计价标准结算工程价款。
当事人约定按照固定价结算工程价款，一方当事人请求对建设工程造价进行鉴定的，法院一般不予支持。
当事人对工程量有争议的，按照施工过程中形成的签证等书面文件确认。承包人能够证明发包人同意其施工，但未能提供签证文件证明工程量发生的，可以按照当事人提供的其他确认实际发生的工程量。
双方当事人在建设工程施工过程中形成的补充协议、会议纪要、工程联系单、工程变更单、工程对帐签证以及其他往来函件、记录等书面，可以作为工程量计算和认定工程价款的依据。
要严格把握工程施工过程中相关材料的签证和确认。除代表人和约定明确授权的人员外，其他人员对工程量和价款等所作的签证、确认，不具有法律效力。没有约定明确授权的，代表人、项目经理、现场负责人的签证、确认具有法律效力；其他人员的签证、确认，对发包人不具有法律效力，除非承包人举证证明该人员确有相应权限。
笔者在办理承包人诉讼过程中，经常会涉及进度款支付的违约金和承包停工的事由，承包人应特别注意工程量报表的制作和审批，这事关承包人主张逾期付款违约金和停工理由的事项。
此外，建设单位应当严格按照国家有关档案管理的，及时收集、整理建设项目各环节的文件资料，建立、健全建设项目档案，并在建设工程竣工验收后，及时向建设行政主管部门或者其他有关部门移交建设项目档案。
关于未经竣工验收，发包人擅自使用的情况，《解释》第十有特别。“建设工程未经竣工验收，发包人擅自使用后，又以使用部分质量不符合约定为由主张的，不予支持;但是承包人应当在建设工程的合理使用寿命内对地基基础工程和主体结构质量承担民事责任。”
发包人已组织验收并在相关文件上签字确认验收合格，后又以工程质量存在瑕疵为由，支付或要求延期支付工程价款的，该主张不能成立。
《合同法》第二百八十六条：“发包人未按照约定支付价款的，承包人可以催包人在合理期限内支付价款。发包人逾期不支付的，除按照建设工程的性质不宜折价、拍卖的以外，承包人可以与发包人协议将该工程折价，也可以申请将该工程依法拍卖。建设工程的价款就该工程折价或者拍卖的价款优先受偿。”
《最高关于建设工程价款优先受偿权问题的批复》第四条对行使优先权的期限又作了特别——“建设工程承包人行使优先权的期限为六个月，自建设工程竣工之日或者建设工程合同约定的竣工之日起计算。”
建设工程价款优先受偿权的范围为建设工程的工程价款，包括承包人应当支付的工作人员报酬、材料款和用于建设工程的垫资款等。工程价款的利息不在优先受偿范围内。
发包人应当支付的违约金或者因为发包人违约所造成的损失，不属于建设工程价款优先受偿权的受偿范围。